La historia de Onegai Twins se desarrolla en el mismo pueblo que en Onegai Teacher, en donde un joven programador llamado Kamishiro Maiku un día ayuda a una joven de un tipo que trataba de abusar de ella. La joven le agradece la ayuda y se queda sorprendida al ver que ambos tienen el mismo color de ojos (ojos azules muy poco comunes).Sin mas, Maiku regresa a su hogar.

Mas tarde, tocan a la puerta de Maiku y se sorprende de ver que es la misma joven a la que había salvado, Miyafuji Miina. Miina se siente muy contenta de que Maiku fue quien le abrió la puerta, ya que cree que es su hermano gemelo. Esto es porque Miina fue abandonada cuando era niña y solo le quedaba una fotografía de recuerdo (la fotografia es la que pueden ver arriba) en donde supuestamente es su hermano quien aparece junto con ella. Maiku que tambien fue abandonado cuando era niño, también poseía una copia de la misma fotografía, por lo que el convencimiento de Miina de que es su hermano, ya era total.

En eso, más tarde vuelven a tocar a la puerta de Maiiku, se trata de una linda jovencita llamada Onodera Karen, que para sorpresa de todos….!!!TIENE EL MISMO COLOR DE OJOS!!! y no solo eso, tiene la misma historia que Miina !!!CON LA MISMA FOTOGRAFIA!!!. Entonces ¿Quién es en verdad la hermana gemela de Maiku y quien es una desconocida?.